Pada musim 2008-2009, Fandy Mochtar bergabung dengan Arema Malang yang berlaga di Indonesia Super League (ISL).

Di Arema, Fandy Mochtar dijukuki Carlos Tevez-nya Arema karena gaya bermainnya yang agresif dan energik.

Setelah semusim bersama Arema Malang, ia hijrah ke Persisam Putra Samarinda pada 2009 dan membela Persisam hingga 2012.

Setelah itu berseragam Sriwijaya FC edisi 2012-2013, di mana ia turut berkontribusi dalam memenangkan Inter Island Cup 2012.

Pada 2013, Fandy Mochtar bergabung dengan Persiba Balikpapan dan bermain hingga 2014.

Ia kemudian menandatangani kontrak dengan Pusamania Borneo pada 6 Desember 2014.

Di level internasional, Fandy Mochtar mewakili Indonesia dalam Timnas U23 edisi 2006–2007.

Baca juga: 132 Personel Polresta Tidore Kawal Semifinal Gurabati Open Turnamen 2025

Dan sukses tembus ke level Timnas Senior pada 2007 hingga 2011. Bersama Garuda ia mencatatkan 8 penampilan. 

Setelah melalui karier sepakbola dengan manis, Fandy Mochtar memutuskan gantung sepatu pada 1 Januari 2016.

Fandy Mochtar dikenang sebagai pemain serba bisa, yang memberikan kontribusi signifikan bagi klub-klub yang dibelanya serta tim nasional Indonesia. (*)